En tres territorios rurales de minorías negras e indígenas de Colombia se realizó un estudio mixto con técnicas cuantitativas y cualitativas. Desde la aproximación cuantitativa se realizó un diseño transversal para evaluar los factores asociados a la prevalencia de inseguridad alimentaria (IA) y la relación de ésta con el estado nutricional de los individuos que componen los hogares. Adicionalmente, se realizó un estudio cualitativo a través de entrevistas semi-estructuradas, para comprender cómo es el sistema alimentario de estos territorios en los procesos de producción y consumo de alimentos, a fin de determinar cómo influyen positiva o negativamente en la seguridad alimentaria y por consiguiente en el estado nutricional. Se presenta una alta prevalencia de IA y se evidencia una pérdida mayor en la soberanía alimentaria. La pérdida y la falta de control de la tierra, y por ende los efectos en las prácticas asociadas a la producción y auto-consumo de alimentos, han generado no solo una crisis alimentaria que enfrentan las comunidades, sino también malas prácticas asociadas con el consumo de alimentos que conllevan a un mal estado nutricional. Hay fallas estructurales en la tenencia y control que no están permitiendo el máximo aprovechamiento de su productividad y por ende una mejora en la seguridad alimentaria. En el contexto observado, el territorio colectivo no aporta a la mejora de la seguridad alimentaria. No obstante, el territorio colectivo contribuye a las comunidades indígenas en términos de su autonomía alimentaria y en la capacidad de autoabastecerse, en contraste las comunidades afrodescendientes presentan una total dependencia al mercado.