Esta ponencia tiene como objetivo discutir el diseño de una investigación doctoral perteneciente al campo de la sociología de la ciencia a cargo de la autora y en avanzado proceso de ejecución en la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO – Sede Académica Argentina). Dicho diseño combina métodos cuantitativos y cualitativos para abordar la complejidad de su problema de estudio: los efectos de los sistemas de evaluación de la ciencia sobre las trayectorias académicas y profesionales de biólogos moleculares y biotecnólogos de un Consejo de Investigación argentino. Se trata de un estudio multi-fase que combina elementos de un diseño explicativo secuencial con un diseño paralelo convergente (Creswell y Plano Clark 2011) y utiliza seis tipos de fuentes de información cuantitativas y tres tipos de fuentes de información cualitativas. El foco del trabajo será discutir la posición que ocupa cada una de esas fuentes de datos en el diseño de investigación aplicado y las interacciones entre ellas, tanto aquellas planeadas desde el inicio de la tesis como aquellas que emergieron a lo largo del proceso de recolección, construcción y análisis de los datos debido a las necesidades teórico-metodológicas que fue planteando el propio estudio.