Una de las principales demandas de los movimientos indígenas en México es el derecho de autogobernarse de acuerdo con sus usos y costumbres. Este reclamo cobra mayor relevancia ante la dinámica de despojo que ha adoptado el sistema capitalista, pues gran parte de los recursos naturales explotables se encuentra en aquellos territorios que han ocupado las comunidades indígenas. A pesar de la larga tradición de cooptación de las estructuras comunitarias por parte del estado, aún existen formas de autogobierno y sistemas de cargos tradicionales que permiten a las comunidades tener experiencias de gobierno horizontal regidas mayormente por lógicas asamblearias. No obstante, uno de los principales obstáculos para lograr implantar sistemas de autogobierno ha sido la dependencia económica, por lo que algunos movimientos autonomistas han gestado formas de autogestión productiva para lograr la autosuficiencia. El Comité por la Defensa de los Derechos Indígenas (CODEDI), está construyendo un sistema productivo basado en el tequio o trabajo colectivo y en la recuperación de formas de organización comunitaria. Aquí nos proponemos mostrar el modelo autogestionario del CODEDI como una estrategia de defensa del territorio y las principales contradicciones y retos de la organización en un escenario de incremento exponencial de la violencia.