A etnoecologia surge como um campo interdisciplinar de pesquisa, derivado da etnobiologia, no qual foram estabelecidas relações com diversas áreas do conhecimento, como antropologia, sociologia e economia. Historicamente, na primeira fase de seu desenvolvimento, os estudos eram voltados à determinação do potencial econômico das espécies biológicas conhecidas e utilizadas por populações indígenas do “Novo Mundo”, ainda no século XVI. Essa abordagem utilitarista refere-se à interpretação dos aspectos de outra cultura a partir de parâmetros e categorias pré- estabelecidas pelo (a) investigador (a), método que ainda domina o campo das etnociências. Este artigo se propõe a desenvolver uma reflexão teórica crítica sobre este modelo de racionalidade científica, considerando que tratar saberes e cosmologias de comunidades tradicionais como conhecimentos etnoecológicos implicaria no empobrecimento da sociobiodiversidade. Submetidos aos critérios de cientificidade e validação, esses saberes estariam suscetíveis a epistemicídios atrelados à desvalorização das práticas sociais dessas comunidades que, historicamente, têm contribuído para a conservação socioambiental. A problematização do status quo metodológico da etnoecologia se dá, no presente artigo, com base em estudos da perspectiva decolonial que promoveram o giro epistemológico, pensado pelo grupo Modernidade/Colonialidade, de estudiosos (as) latino-americanos (as). A partir desses estudos, realiza-se um processo de desconstrução das oposições binárias presentes na etnoecologia como: conhecimento local/conhecimento científico, observador/observado, sujeito/objeto. Desta maneira, o artigo busca pensar uma etnoecologia que se aproxime de uma ciência decolonial, concebendo a pluralidade das práticas científicas na relação com outras práticas sociais, através da ecologia de saberes, pensada por Boaventura Sousa Santos, contribuindo para reflexões sobre a sociobiodiversidade.