El presente trabajo tiene como finalidad reconstruir en clave comparativa las trayectorias históricas de las reformas institucionales impulsadas por el gobierno de Hugo Chávez en Venezuela y Evo Morales en Bolivia, en relación al impacto que generan sobre las formas de manifestación y participación de la ciudadanía. Esto se puede interpretar como el pasaje de un tipo de democracia representativa a una participativa. Es por eso que intentaremos trazar las conexiones entre la deslegitimación del sistema partidario de corte representativo, propio de modelos de gobierno de tipo neoliberal; y el surgimiento de movimientos y organizaciones sociales contestatarios al mencionado modelo. Nos enfocaremos principalmente en la creación de los Consejos Comunales en Venezuela y la institucionalización de las Juntas Vecinales en Bolivia, como exponentes de la participación organizada de distintos sectores y movimientos sociales; y sobre las consecuencias que dichas organizaciones atraviesan a partir de la implementación de nuevos tipos de legislación y las nuevas Constituciones que son promulgadas en ambos países. Abarcar los casos mencionados desde una perspectiva comparativa, nos dará la posibilidad de realizar enriquecedoras apreciaciones respecto del papel del Estado en relación con la influencia (o su ausencia) que éste ejerce sobre la autonomía de las organizaciones.