En el 2010, el Consejo Directivo de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires decidió no acreditar las carreras de grado y posgrado en la CONEAU, oponiéndose a lo dispuesto por la Ley de Educación Superior de 1995, luego de una intensa polémica que sacudió a su comunidad académica. Para comprender los motivos, significancia y consecuencias de esta fractura institucional, se dará cuenta de los procesos históricos que llevaron a la nueva estructuración de la educación superior en los 90’ a partir de una agenda influenciada por los organismos financieros internacionales y la tensa relación entre el Estado y las universidades argentinas. Se analizará el caso puntual de la Universidad de Buenos Aires y el debate al interior de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, en el contexto de una paulatina reformulación de las políticas universitarias por parte de los gobiernos kirchneristas sin modificar, sin embargo, el marco normativo aún vigente. Se esbozarán, finalmente, algunas líneas de investigación tendientes a profundizar la comprensión de los posicionamientos y consecuencias de este período de crisis para contribuir al conocimiento sobre el sistema universitario argentino.