El objetivo de esta ponencia es analizar cómo se ha concebido a la autonomía universitaria en los últimos 25 años en la Universidad de Buenos Aires (UBA). Para ello, se reconstruye el concepto de autonomía universitaria desde tres dimensiones: autonomía corporativa, de la razón y financiera. Seguidamente, se estudia la historia reciente de la UBA en relación a cada una de ellas y se sugiere que es la autonomía financiera la actualmente jerarquizada. Ella es pensada como un prerrequisito para asegurar la autonomía como corporación y, de la consecución de estas dos dimensiones, se promueve que estarían dadas las condiciones necesarias para la autonomía de la razón. Sin embargo, la búsqueda de autonomía financiera ha orientado a la UBA a la producción para el Mercado, direccionando sus investigaciones según demandas privadas que ponen en riesgo la posibilidad de pensamiento autónomo. Asimismo, la crisis de representación de sus órganos de gobierno ha resultado en una transformación de la autonomía corporativa a escudo defensor de las necesidades de grupos reducidos. Se concluye con sugerencias para elaborar un proyecto alternativo de Universidad.