La internacionalización de los procesos de investigación en el área de las ciencias naturales no es nueva, sino más bien constitutiva de los mismos, pero en estos últimos 20 años ha dado un nuevo salto. En ese marco nos proponemos estudiar los modos en que las universidades, como locus histórico de la investigación científica en nuestro país, se enfrentan a esas transformaciones. En este trabajo tenemos por objetivo analizar los modos en que dos instituciones universitarias públicas: la UNLP y la UNQ, procesaron nuevas relaciones internacionales establecidas por sus equipos de investigación entre los años 2002 y 2006. Nos interesa abordar las respuestas institucionales que ensayaron ante la incorporación de nuevas relaciones con la Unión Europea. El primer equipo a analizar es del Laboratorio de Investigaciones en el Sistema Inmune (LISIN) de la Facultad de Ciencias Exactas (UNLP); y el segundo, del Laboratorio de Virología e Inmunología (UNQ). Para llevar a cabo esa tarea analizaremos las entrevistas semiestructuradas hechas durante el año 2009 a los miembros de los equipos señalados. Asimismo, utilizaremos datos secundarios sobre la situación de la investigación en las universidades argentinas, las relaciones científicas internacionales, y las características de los Programa Marco de la Unión Europea.